De Stichting Goudse Sint-Jan ontsluit de religieuze, esthetische, culturele en historische elementen in de Sint-Janskerk met als doel dat iedere bezoeker de ruimte ervaart zich aan dit erfgoed te verbinden. Naast de primaire museumfunctie organiseert de stichting concerten en andere culturele activiteiten en verhuurt het ruimtes aan derden. De opbrengsten uit alle activiteiten worden volledig aangewend voor het beheer en behoud van het monumentale kerkgebouw en de museale collectie bestaande uit de 72 gebrandschilderde ramen (de Goudse Glazen), de bijbehorende ontwerptekeningen (de cartons), orgels, archeologische objecten en de inventaris.